Cette église est un édifice assez tardif dont la construction ne se fit qu'à la
fin du douzième siècle.

Une bulle d'Alexandre II du 25 mai 1179, promulguée en faveur du chapitre
de Saint-Mary de Forcalquier, rappelle que l'évêque de Sisteron a solennellement béni une croix à l'emplacement où devait être édifiée l'église Saint-Sauveur.

Avant cette date, les trois églises de Manosque : Notre-Dame, Saint-Jean et
Saint-Étienne, appartenaient à l'abbaye de Saint-Victor de Marseille. Le chapitre de Forcalquier ne touchait donc pas de « dîmes » à Manosque. C'est pour pallier à cet état de fait que l'évêque de Sisteron autorise la construction de l'église Saint-Sauveur.
L'édifice ne fût officiellement consacré qu'en 1372 par l'évêque Ranulphe de Gorse, neveu du Pape Innocent VI. Mais, nous trouvons dans les archives communales de la ville plusieurs textes nommant la paroisse de Saint-Sauveur dès 1250. Il est probable que l'église servait déjà au culte bien avant 1372 et que le chapitre a attendu la venue d'un personnage important pour donner plus de faste à la consécration solennelle de l'église.

À l'origine, l'édifice ne comprenait qu'une nef centrale, un transept et trois absides pentagonales. Il était entouré d'un cimetière.
Dans les premiers temps de sa construction, la paroisse de Saint-Sauveur n'avait pas la faveur des Manosquins. Malgré la grandeur et la majesté de la nouvelle église, ils fréquentaient plus volontiers l'église Notre-Dame de Romigier, plus ancienne, qui abritait la statue de la Vierge du « Romigier » que l'on avait l'habitude d'invoquer en cas de malheur et à qui l'on attribuait de nombreux miracles. Plus petite, plus massive, plus familière, l'église Notre-Dame pour les Manosquins était le cœur de la ville.

À cause de la rivalité qui a toujours existé entre la ville de Manosque et celle de Forcalquier, les consuls de Manosque se sont opposés, tant qu'ils ont pu, à la réunion des églises de Manosque au chapitre de Forcalquier. De nombreuses réclamations des consuls au chapitre au sujet du service de l'église Saint-Sauveur témoignent de cette opposition.

L'église, de fondation plus récente que celle de Notre-Dame de Romigier,
est romane dans ses structures inférieures et gothique dans ses superstructures. La durée de sa construction explique cette dualité de style.